据证监会介绍，建设北京证券交易所的主要思路是，按照分步实施、循序渐进的原则，总体平移精选层各项基础制度，坚持北京证券交易所上市公司由创新层公司产生，维持新三板基础层、创新层与北京证券交易所“层层递进”的市场结构，同步试点证券发行注册制。
“新三板市场已形成了三个市场层次，北京证券交易所设立后，精选层挂牌公司全部转为北京证券交易所上市公司，后续北京证券交易所上市公司由符合条件的挂牌公司产生。”周贵华表示，新三板基础层、创新层依然是全国性证券场所，基础层、创新层公司仍是非上市公众公司。
证监会非上市公众公司监管部副主任杨喆指出，在尊重中小企业经营特点的基础上，强化市场出清功能，建立差异化需求安排，北京证券交易所退市公司符合条件的，可以退到创新层和基础层继续交易，存在重大违法违规的，应当直接退出市场。
